Comparison of the genomic and phenotypic characteristics of Bordetella pertussis strains in Quebec and Ontario during the 2024 pertussis outbreak Comparaison des caractéristiques génomiques et phénotypes des souches de la bactérie Bordetella pertussis au Québec et en Ontario lors de l’épidémie de coqueluche de 2024
About This Study À propos de cette étude
In 2024-2025, as observed elsewhere in the world, many Canadian provinces faced a surge in pertussis cases. The province of Quebec experienced an outbreak of especially high magnitude and, although many factors could play a role (e.g., access to PCR testing, pertussis case definitions and vaccine schedules), the difference observed between Quebec and other provinces is of concern and requires investigation. The primary objective of this project is to compare the molecular epidemiology of B. pertussis strains circulating in Quebec (QC), Ontario (ON) and British Columbia (BC) during the 2024-2025 outbreak and determine whether pertussis resurgence in Quebec is temporally associated with specific genomic characteristics.
This is a molecular epidemiology study divided in two consecutive phases. First, a culture-independent sequencing method for B. pertussis will be developed and validated. In the second phase, genomic characterization of circulating strains from QC, ON and BC will be performed on clinical specimens from individuals < 20 years old who were tested for pertussis as part of routine care during the 2024-2025 pertussis outbreak.
En 2014-2015, comme ailleurs dans le monde, de nombreuses provinces canadiennes ont été confrontées à une recrudescence des cas de coqueluche. La province de Québec a connu une épidémie d’ampleur particulièrement importante et, bien que plusieurs facteurs puissent jouer un rôle (par exemple, l’accès aux tests PCR, les définitions des cas de coqueluche et les calendriers de vaccination), la différence observée entre le Québec et les autres provinces est préoccupante et nécessite une enquête. L’objectif principal de ce projet est de comparer l’épidémiologie moléculaire des souches de B. pertussis circulant au Québec (QC), en Ontario (ON) et en Colombie-Britannique (C.-B.) lors de l’épidémie de 2024-2025 et de déterminer si la résurgence au Québec est temporellement associée à des caractéristiques génomiques spécifiques.
Cette étude d’épidémiologie moléculaire est divisée en deux phases consécutives. Dans un premier temps, une méthode de séquençage de B. pertussis ne nécessitant pas de culture sera mise au point et validée. Dans un deuxième temps, la caractérisation génomique des souches en circulation dans les provinces du Québec, de l’Ontario et de la Colombie-Britannique sera réalisée à partir de spécimens cliniques prélevés chez des personnes âgées de moins de 20 ans ayant subi un test de dépistage de la coqueluche dans le cadre des soins habituels pendant l’épidémie de coqueluche en 2024-2025.
Chercheuse principale
Maude Paquette